New developlents of breeding and evolutionary studies taken advantage of using information of porotein three-dimensional structures by Alphafold2

KAKEN

About This Project

Japan Grant Number
JP23K18039 (JGN)
Funding Program
Grants-in-Aid for Scientific Research
Funding Organization
Japan Society for the Promotion of Science

Kakenhi Information

Project/Area Number
23K18039
Research Category
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
Allocation Type
  • Multi-year Fund
Review Section / Research Field
  • Medium-sized Section 39:Agricultural and environmental biology and related fields
Research Institution
  • Kazusa DNA Research Institute
Project Period (FY)
2023-06-30 〜 2026-03-31
Project Status
Granted
Budget Amount*help
6,500,000 Yen (Direct Cost: 5,000,000 Yen Indirect Cost: 1,500,000 Yen)

Research Abstract

多型解析で検出される膨大なSNPから有力な原因遺伝子の候補を絞り込むため，ホウレンソウとトマト，アブラナ属作物において，Alphafold2で予測されたタンパク質立体構造上の非同義置換の位置を特定し，機能・活性に直接的に影響を与える「高次機能的SNP遺伝子」を同定し，栽培化，エリート品種の成立，変種の分化，地域適応および性分化と関連性を示すものの発現パターンの違いを調べる．ホウレンソウおよびアブラナ属作物を宿主とするキュウリモザイクウイルス由来のベクターを用いたウイルス誘導ジーンサイレンシング系を用い，高次機能的SNP遺伝子をノックダウンし，表現型の変化に基づく機能同定を行う．

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