空間的シングルセル解析による大腸がん転移巣を形成するがん微小環境の解明
研究課題情報
- 体系的番号
- JP22K07192 (JGN)
- 助成事業
- 科学研究費助成事業
- 資金配分機関情報
- 日本学術振興会(JSPS)
科研費情報
- 研究課題/領域番号
- 22K07192
- 研究種目
- 基盤研究(C)
- 配分区分
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- 基金
- 審査区分/研究分野
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- 小区分50010:腫瘍生物学関連
- 研究機関
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- 独立行政法人国立病院機構高崎総合医療センター(臨床研究部)
- 群馬大学
- 研究期間 (年度)
- 2022-04-01 〜 2025-03-31
- 研究課題ステータス
- 交付
- 配分額*注記
- 4,030,000 円 (直接経費: 3,100,000 円 間接経費: 930,000 円)
研究概要
本研究では大腸癌原発巣と遠隔転移巣とのがん微小環境の相違点について、FFPE用でスポット毎に遺伝子を包括的に hybridization させる Visium と凍結検体用でスポット毎に RNA-seq を行う Visium を用いて比較して解析する。①転移巣特異的に、がん細胞と共存し重要な役割を担う細胞を特定し、②治療標的となり得る遺伝子を同定する。更に③同定した転移ドライバー候補遺伝子の発現と有意に相関するエンハンサー領域をscGEX-ATAC-Seq の結果に基づいて同定する。
