Japan-U.S. collaboration to find novel biomarkers of CDK4/6 inhibitor using explainable deep learning and spatial genetic analysis.

About this project

Japan Grant Number
JP22KK0118
Funding Program
Grants-in-Aid for Scientific Research
Funding organization
Japan Society for the Promotion of Science
Project/Area Number
22KK0118
Research Category
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
Allocation Type
  • Multi-year Fund
Review Section / Research Field
  • Medium-sized Section 50:Oncology and related fields
Research Institution
  • Okayama University
Project Period (FY)
2022-10-07 〜 2026-03-31
Project Status
Granted
Budget Amount*help
20,150,000 Yen (Direct Cost: 15,500,000 Yen Indirect Cost: 4,650,000 Yen)

Research Abstract

CDK4/6阻害薬パルボシクリブを受けた300名の日本人乳癌病理標本に、Attention機構、Grad-CAM等を適用して、CDK4/6阻害薬感受性・抵抗性に関する“説明可能な”深層学習モデルを複数構築し、米国人300名の乳癌病理標本を用いて精度を検証する。そして最も高精度の感受性・抵抗性モデルが特定した腫瘍内または周囲環境部位1000か所についてGeoMxを用いた空間的遺伝子発現解析を行い、腫瘍内特定部位には変異・コピー数解析を追加する。遺伝子研究の大家であるノースカロライナ大学のPerouと共同で、新規のCDK4/6阻害薬感受性・抵抗性規定因子を同定する。

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