Japan-U.S. collaboration to find novel biomarkers of CDK4/6 inhibitor using explainable deep learning and spatial genetic analysis.
About this project
- Japan Grant Number
- JP22KK0118
- Funding Program
- Grants-in-Aid for Scientific Research
- Funding organization
- Japan Society for the Promotion of Science
- Project/Area Number
- 22KK0118
- Research Category
- Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
- Allocation Type
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- Multi-year Fund
- Review Section / Research Field
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- Medium-sized Section 50:Oncology and related fields
- Research Institution
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- Okayama University
- Project Period (FY)
- 2022-10-07 〜 2026-03-31
- Project Status
- Granted
- Budget Amount*help
- 20,150,000 Yen (Direct Cost: 15,500,000 Yen Indirect Cost: 4,650,000 Yen)
Research Abstract
CDK4/6阻害薬パルボシクリブを受けた300名の日本人乳癌病理標本に、Attention機構、Grad-CAM等を適用して、CDK4/6阻害薬感受性・抵抗性に関する“説明可能な”深層学習モデルを複数構築し、米国人300名の乳癌病理標本を用いて精度を検証する。そして最も高精度の感受性・抵抗性モデルが特定した腫瘍内または周囲環境部位1000か所についてGeoMxを用いた空間的遺伝子発現解析を行い、腫瘍内特定部位には変異・コピー数解析を追加する。遺伝子研究の大家であるノースカロライナ大学のPerouと共同で、新規のCDK4/6阻害薬感受性・抵抗性規定因子を同定する。
Details 詳細情報について
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- CRID
- 1040575263320972032
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- Text Lang
- ja
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- Data Source
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- KAKEN