a) Current Status to Construct Mutation View, A Database for Human Genome Variation and Phenotype(<Special Feature>Growing Expectation for Biomedical Natural Language Processing in the Post-genome Era : Current Topics of BioNLP)

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Other Title
  • 遺伝子変異データベース構築のための情報収集と抽出の現状
  • イデンシ ヘンイ データベース コウチク ノ タメ ノ ジョウホウ シュウシュウ ト チュウシュツ ノ ゲンジョウ
  • 【特集】ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待：バイオ自然言語処理最新事情 ＜2. バイオ研究者からのバイオNLPへの期待＞

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遺伝子の変動性（疾患原因変異と多型）と表現型についてのデータベースMutationViewを構築してきた．現在，ゲノム塩基配列読み取りが完了して，さまざまな公的データベースが構築されて資材を提供していることもあり，Computerによる遺伝子構造データの自動作成は可能である．一方，疾患と変異の関わりをデータベース化するためには，変異の詳細以外にも，症状などの患者情報等多岐にわたる情報をデータとして構築することが必要となる．現状では，これらの情報は，主に発表済み論文から収集，抽出しているが，使用専門用語の冗長性や階層性などの問題に対処する必要性から，専ら研究者の手作業によって進めている．本稿では情報処理，計算機科学の専門家による支援の可能性を少しでも開くために，収集しているデータの種類，性質，情報元などを整理し，「手作業」の内容も分析してみたい．

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