“プログラムされた自己解体モデル”検証のための高並列仮想生命個体群シミュレータの開発

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タイトル別名
  • プログラムサレタ ジコ カイタイ モデル ケンショウ ノ タメ ノ コウ ヘイ
  • Development of Highly -Parallel Simulator of Individuals of Virtual Automata for Verification of "Programmed Self- Decomposition Model" (Special Issue on Parallel Processings)
  • 並列応用

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抄録

“プログラムされた自己解体（PSD）モデル”は，1987年大橋らによって提唱された生物学上の仮説である．本研究では，自己解体メカニズムが生命の増殖・進化の過程に与える効果を調べるため，AP1000＋上に高並列仮想生命個体群シミュレータ“SIVA?2r”を開発した．SIVA?2rは先に単体のワークステーション上に実装されたシミュレータに比べ，約26．2倍の広さの空間を約7．4分の1の時間内にシミュレートすることが可能となった．その結果，突然変異率と乱数の種値を様々に変えた条件下で総計260回の大規模個体群シミュレーションを現実的な時間内に行い，仮想生命の進化的適応能力を定量的に観察することができた．本稿では，PSDモデルの概略，SIVA?2rの開発における問題点と解決法，およびSIVA?2rを用いて行った実験の結果について報告する．

Programmed self-decomposition(PSD) model is a biological hypothesis proposed in 1987 by T.Oohashi et al.In order to examine how the self-decomposition mechanism effects on the process of reproduction and evolution of life,we developed a highly-parallel simulator of individuals of virtual automata SIVA-2r on AP1000+.SIVA-2r was provided with the ability to simulate about 26.2 times as large space within about 1/7.4 as short time as that of the previous simulator implemented on a single workstation.Owing to this improvement,we could simulate a total of 260 cases of large flocks of individuals with various mutation rates and seed values of random numbers within a practical period of time,and also could quantitatively observe the capability of evolutionary adaptation of virtual automata.This article reports on the outline of PSD model,problems and solutions on the development of SIVA-2r,and results of experiment simulated by SIVA-2r.

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