構造モデルに基づく塩基配列からのboxC/D型snoRNA遺伝子検出法

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  • コウゾウ モデル ニ モトズク エンキ ハイレツ カラ ノ boxC/Dガタ snoRNA イデンシ ケンシュツホウ
  • A Structure Model Based Method to Detect boxC/D Type snoRNA Genes from DNA Sequences

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本論文では，boxC/D型snoRNAの一次構造，および二次構造を考慮した構造モデルに基づき，同遺伝子を高精度に検出する手法を提案する．機能性RNAの1つであるboxC/D型snoRNAは真核生物の核小体内に存在し，リボソームRNAなどのメチル化などに関与すると考えられている．RNA修飾の意義はよく分かっておらず，機能性RNAの役割を明らかにするためにも，より多くの機能性RNA遺伝子を発見することが望まれている．提案手法では，boxC/D型snoRNAが持つ特徴的な塩基配列であるボックスと，ステム構造と呼ばれる相補塩基対で構成された二次構造の双方に着目し，ボックス存在位置などにモデルに基づく制約を課することで高精度にsnoRNA遺伝子を検出する．実験により，提案手法は97.5%の精度でboxC/D型snoRNA遺伝子を検出できることを示した．

This paper proposes a method to detect boxC/D type snoRNA genes using structure model that consisting with characteristic base sequences and secondary structure. The boxC/D type snoRNAs exist in nucleolus of eukaryote, and they may work methylation of rRNA, but the function of such RNA modification remains unknown. Our method utilizes both characteristic sequences called as boxes and secondary structure called as stems. We develop a structure model of boxC/D type snoRNA from actual sequences, and also determine a sequence include a boxC/D type snoRNA gene or not based on the matching ratio of the sequence and the model. Our method achieves 97.5% detection ratio.

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