Multidrug-resistant clinical strains identified as Pseudomonas putida group cluster independently of P. putida and Pseudomonas monteilii type strains in a phylogenetic analysis using eight concatenated hypervariable housekeeping sequences
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- Pseudomonas putida groupの多剤耐性臨床分離株は,高度可変的な8個のhousekeeping遺伝子配列の連結を用いた系統解析を行うと,P. putidaおよびPseudomonas monteiliiの基準株とは独立したクラスターを形成する
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Pseudomonas属の主要5菌種に共通に保存されている121個のhousekeeping proteinsより,高い配列多型をもつ8種類の蛋白配列を選択した。これらの配列を結合した配列(C8HKP)を用い,既報の4MLSA(16S rRNA,gyrB,rpoB,rpoD)を用いた系統解析法と比較した。両者の配列置換率を比較した結果,相関係数はR2=0.897と高い相関を認め,C8HKPは約2倍の解像度を持つことが明らかとなった。加えて,系統樹を比較した結果,各菌種の系統位置は両者で概ね一致していた。このことから,C8HKPによる系統解析はPseudomonas属の系統分類に有用であることが示唆された。さらに,Pseudomonas putida groupに同定された多剤耐性株を含む臨床分離株33株のドラフトゲノム配列を決定し,C8HKPによる系統解析を行ったところ,P. putidaおよびPseudomonas monteiliiの基準株とは独立したクラスターが複数認められ,多剤耐性株はこのクラスターの一つに集中して認められた。
Journal
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- 日本微生物資源学会誌
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日本微生物資源学会誌 32 (2), 133-146, 2016-12
鳥取 : 日本微生物資源学会
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Details 詳細情報について
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- CRID
- 1050564288719095040
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- NII Article ID
- 40021089280
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- NII Book ID
- AN10475420
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- ISSN
- 13424041
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- NDL BIB ID
- 027963451
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- Text Lang
- en
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- Article Type
- journal article
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- Data Source
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