多次元尺度構成法を用いた蛋白質ポケット部位の縮約ベクトル表現によるポケット構造比較

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2014年9月の段階で，Protein Data Bankには約30万のリガンド結合部位が登録されていると共に，ポケット同定プログラムにより約520万のポケット形状が推定されていると報告されている．これらを網羅的に解析するためには，ポケット形状を高速に比較する必要がある．高速な比較のために，ポケット形状をCα原子を頂点とする三角形の集合に分解し，三角形パターンの出現頻度をポケット形状のベクトル表現とする方法が提案されている．本研究では，出現しうる全ての三角形パターンの間に類似度を定義し，多次元尺度構成法を用いて，各三角形パターンの座標を得，これと頻度のベクトルの線形和によってポケット形状のベクトル表現を得る新規手法を開発した．既存手法と比較し，より高精度なポケット形状間の類似度を得ることが確認された．

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