土壌締め固め・リアルタイムPCRを介した土壌からのキタネグサレセンチュウの定量検出

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  • Quantitative detection of Pratylenchus penetrans from soil by using soil compaction and real-time PCR

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抄録

土壌締固めを介したリアルタイムPCR法を用いて、土壌中で線状の形態で存在するキタネグサレセンチュウ（以下RLN）の検出を検討した。RLNに汚染された黒ボク土および灰色低地土を50mlの採土円筒に充てんし、土壌締固め機で土壌を締固めてからDNAを抽出した。土壌を締固めるとCt値が対照区（締固めなし）よりも1.0〜2.5回小さくなったため、土壌締固めにより、RLNのDNAを効率的に検出できるようになることが示唆された。RLNを含まない黒ボク土と灰色低地土にRLNを既知数添加し、土壌締固めとリアルタイムPCRを行ったところ、Ct値とRLN頭数に有意な相関関係が認められた（黒ボク土：r（2）＝0.993、P＜0.01灰色低地土： r（2）＝0.965、P＜0.01）。そのため、土壌締固め法を介したリアルタイムPCRによるRLNの定量検出が可能と判断された。検出限界は風乾土20gあたり黒ボク土で25頭、灰色低地土で10頭であった。検出限界の向上のために、DNA抽出法の改良が必要であると推察された。

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