PCR-DGGE法による土壌微生物群集構造解析のジャーガルにおける適応性

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  • PCR DGGEホウ ニ ヨル ドジョウ ビセイブツ グンシュウ コウゾウ カイセキ ノ ジャーガル ニ オケル テキオウセイ

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抄録

PCR-DGGE法による土壌微生物群集構造解析のジャーガルにおける適応性を標準eDNA解析マニュアル（独立行政法人農業環境技術研究所）に沿って検討した。eDNA抽出条件については、抽出バッファーにスキムミルクを添加してもeDNA量は増加しなかったため、スキムミルクを添加する必要はないと考えられた。ジャーガルから直接抽出されたeDNAについて16Sあるいは18S rRNA遺伝子をPCRによって増幅し、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動（DGGE）をおこなった結果、DGGEバンドパターンが得られ、クラスター解析および多様性指数の算出が可能であった。そのため、ジャーガルについて標準eDNA解析マニュアルによる土壌細菌および糸状菌群集構造解析が可能であることが確認された。

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