名古屋市隼人池に生息するメダカの遺伝的多様性

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タイトル別名
  • The genetic diversity of Japanese rice fish found in the Hayato Pond in Nagoya.

抄録

type:原著論文

名古屋市昭和区の隼人池で,2009 年にかいぼりが行われ,外来種の多くが駆除された.その後, メダカの集団が回復してきた.遺伝的多様性を明らかにするために,2011 年に採集されていた14 個体を中心に 15 個体の COI 遺伝子の部分配列を決定した.657 塩基対中 13 箇所に突然変異があり,7種のハプロタイプが見出された.これらの塩基配列は,系統樹上は全てミナミメダカ(Oryzias latipes)のクレードに含まれており,ミナミメダカと判定された.このうち6つのハプロタイプは,2 塩基以内の塩基置換の関係にあり 1 つのグループを形成していた.別の一つのハプロタイプは他の6ハプロタイプとは 8 塩基以上の置換関係にあり,近郊系メダカ Hd-rR の COI 遺伝子の塩基配列と完全に一致した.

The Hayato Pond in Showa-ku, Nagoya City, was drained and many invasive alien species were exterminated in 2009. After that, the population of medaka has recovered. To clarify the genetic diversity of the medaka in Hayato Pond, the partial sequences of the COI gene of 15 individuals, 14 of which were collected in 2011 and another was in 2014, were determined. Thirteen sites were found to be variable in the 657-bp sequences, which generated seven haplotypes. The phylogenetic tree indicates that these haplotypes were all belong to southern medaka (Oryzias latipes). Six haplotypes had a substitution within 2 bases among them and formed one group. Another haplotype had a substitution of 8 bases or more with the other 6 haplotypes, and completely matched the nucleotide sequence of the Hd-rR COI gene.

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