The ongoing evolution of variants of concern and interest of SARS-CoV-2 in Brazil revealed by convergent indels in the amino (N)-terminal domain of the spike protein
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- Paola Cristina Resende
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Felipe G Naveca
- Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ-Amazonas , Rua Teresina, 476. Adrianópolis, Manaus 69.057-070, Brazil
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- Roberto D Lins
- Department of Virology, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
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- Filipe Zimmer Dezordi
- Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
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- Matheus V. F Ferraz
- Department of Virology, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
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- Emerson G Moreira
- Department of Virology, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
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- Danilo F Coêlho
- Department of Virology, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
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- Fernando Couto Motta
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Anna Carolina Dias Paixão
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Luciana Appolinario
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Renata Serrano Lopes
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Ana Carolina da Fonseca Mendonça
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Alice Sampaio Barreto da Rocha
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Valdinete Nascimento
- Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ-Amazonas , Rua Teresina, 476. Adrianópolis, Manaus 69.057-070, Brazil
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- Victor Souza
- Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ-Amazonas , Rua Teresina, 476. Adrianópolis, Manaus 69.057-070, Brazil
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- George Silva
- Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ-Amazonas , Rua Teresina, 476. Adrianópolis, Manaus 69.057-070, Brazil
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- Fernanda Nascimento
- Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia (EDTA), Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ-Amazonas , Rua Teresina, 476. Adrianópolis, Manaus 69.057-070, Brazil
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- Lidio Gonçalves Lima Neto
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão (LACEN-MA) , Rua João Luís, Bairro Diamente, Sao Luis 65020-320, Brazil
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- Fabiano Vieira da Silva
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Maranhão (LACEN-MA) , Rua João Luís, Bairro Diamente, Sao Luis 65020-320, Brazil
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- Irina Riediger
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (LACEN-PR) , Rua Ubaldino do Amaral 545 - Alto da XV, Curitiba 80060-190, Brazil
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- Maria do Carmo Debur
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Paraná (LACEN-PR) , Rua Ubaldino do Amaral 545 - Alto da XV, Curitiba 80060-190, Brazil
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- Anderson Brandao Leite
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Alagoas (LACEN-AL) , Av. Marechal Castelo Branco, 1773 Jatiúca, Alagoas, 57030340 Brazil
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- Tirza Mattos
- Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas (LACEN-AM) , Rua Emílio Moreira, 528 - Centro, Manaus 69020-040, Brazil
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- Cristiano Fernandes da Costa
- Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas , Av. Torquato Tapajós, 4.010 Colônia Santo Antônio, Manaus 69.093-018, Brazil
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- Felicidade Mota Pereira
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA) , Rua Waldemar Falcão, 123 - Bairro Brotas, Salvador 40295-001, Brazil
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- Cliomar Alves dos Santos
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Sergipe (LACEN-SE) , Rua Campo do Brito, 551 - Bairro São José, Aracajú, Sergipe 49020-380, Brazil
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- Darcita Buerger Rovaris
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina (LACEN-SC) , Avenida Rio Branco, 152 – Fundos, Florianópolis, Santa Catarina 88015-201, Brazil
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- Sandra Bianchini Fernandes
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina (LACEN-SC) , Avenida Rio Branco, 152 – Fundos, Florianópolis, Santa Catarina 88015-201, Brazil
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- Adriano Abbud
- Instituto Adolfo Lutz , Av. Dr. Arnaldo, 351, São Paulo 01246-000, Brazil
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- Claudio Sacchi
- Instituto Adolfo Lutz , Av. Dr. Arnaldo, 351, São Paulo 01246-000, Brazil
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- Ricardo Khouri
- Laboratório de Enfermidades Infecciosas Transmitidas por Vetores, Instituto Gonçalo Moniz, FIOCRUZ-Bahia , Rua Waldemar Falcão, 121, Candeal, Salvador, Bahia 40296-710 , Brazil
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- André Felipe Leal Bernardes
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais (LACEN-MG) , Rua Conde Pereira Carneiro, 80 - Gameleira, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
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- Edson Delatorre
- Departamento de Biologia, Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde, Universidade Federal do Espírito Santo , Av. Fernando Ferrari, 514 - Goiabeira, Alegre 29075-910, Brazil
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- Tiago Gräf
- Plataforma de Vigilância Molecular, Instituto Gonçalo Moniz, FIOCRUZ-Bahia , Rua Waldemar Falcão, 121, Candeal, Salvador 40296-710, Brazil
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- Marilda Mendonça Siqueira
- Laboratory of Respiratory Viruses and Measles (LVRS), Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Gonzalo Bello
- Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular, Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ-Rio de Janeiro , Av. Brasil, 4365 - Manguinhos, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
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- Gabriel L Wallau
- Departamento de Entomologia, Instituto Aggeu Magalhães, FIOCRUZ-Pernambuco , Av. Professor Moraes Rego, s/n – Cidade Universitária, Recife 50.740-465, Brazil
抄録
<jats:title>Abstract</jats:title> <jats:p>Mutations at both the receptor-binding domain (RBD) and the amino (N)-terminal domain (NTD) of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) Spike (S) glycoprotein can alter its antigenicity and promote immune escape. We identified that SARS-CoV-2 lineages circulating in Brazil with mutations of concern in the RBD independently acquired convergent deletions and insertions in the NTD of the S protein, which altered the NTD antigenic-supersite and other predicted epitopes at this region. Importantly, we detected the community transmission of different P.1 lineages bearing NTD indels ∆69-70 (which can impact several SARS-CoV-2 diagnostic protocols), ∆144 and ins214ANRN, and a new VOI N.10 derived from the B.1.1.33 lineage carrying three NTD deletions (∆141–144, ∆211, and ∆256–258). These findings support that the ongoing widespread transmission of SARS-CoV-2 in Brazil generates new viral lineages that might be more resistant to antibody neutralization than parental variants of concern.</jats:p>
収録刊行物
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- Virus Evolution
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Virus Evolution 7 (2), veab069-, 2021-08-14
Oxford University Press (OUP)