Genomic landscape of human diversity across Madagascar

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  • Denis Pierron
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Margit Heiske
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Harilanto Razafindrazaka
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Ignace Rakoto
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Nelly Rabetokotany
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Bodo Ravololomanga
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Lucien M.-A. Rakotozafy
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Mireille Mialy Rakotomalala
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Michel Razafiarivony
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Bako Rasoarifetra
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Miakabola Andriamampianina Raharijesy
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Lolona Razafindralambo
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Ramilisonina
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Fulgence Fanony
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Sendra Lejamble
    Monitoring of Monoclonal Antibodies Group in Europe (MAGE) Consortium, INSERM U688, Université Bordeaux 2, 33000 Bordeaux, France;
  • Olivier Thomas
    Monitoring of Monoclonal Antibodies Group in Europe (MAGE) Consortium, INSERM U688, Université Bordeaux 2, 33000 Bordeaux, France;
  • Ahmed Mohamed Abdallah
    Monitoring of Monoclonal Antibodies Group in Europe (MAGE) Consortium, INSERM U688, Université Bordeaux 2, 33000 Bordeaux, France;
  • Christophe Rocher
    Monitoring of Monoclonal Antibodies Group in Europe (MAGE) Consortium, INSERM U688, Université Bordeaux 2, 33000 Bordeaux, France;
  • Amal Arachiche
    Monitoring of Monoclonal Antibodies Group in Europe (MAGE) Consortium, INSERM U688, Université Bordeaux 2, 33000 Bordeaux, France;
  • Laure Tonaso
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Veronica Pereda-loth
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Stéphanie Schiavinato
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Nicolas Brucato
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Francois-Xavier Ricaut
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Pradiptajati Kusuma
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;
  • Herawati Sudoyo
    Genome Diversity and Diseases Laboratory, Eijkman Institute for Molecular Biology, Jakarta 10430, Indonesia;
  • Shengyu Ni
    Department of Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, D-04103 Leipzig, Germany;
  • Anne Boland
    Commissariat à l’Energie Atomique, Institut Génomique, Centre National de Génotypage, 91000 Evry, France;
  • Jean-Francois Deleuze
    Commissariat à l’Energie Atomique, Institut Génomique, Centre National de Génotypage, 91000 Evry, France;
  • Philippe Beaujard
    L’Institut des Mondes Africains (IMAF)–CNRS, 94200 Ivry-sur-Seine, France;
  • Philippe Grange
    Département Langues Etrangères Appliquées, Université de La Rochelle, 17042 La Rochelle cedex 1, France;
  • Sander Adelaar
    Asia Institute, University of Melbourne, Parkville VIC 3010, Australia
  • Mark Stoneking
    Department of Evolutionary Genetics, Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology, D-04103 Leipzig, Germany;
  • Jean-Aimé Rakotoarisoa
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Chantal Radimilahy
    Institut de Civilisations/Musée d’Art et d’Archéologie, Université d’Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar;
  • Thierry Letellier
    Laboratoire d’Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse, Equipe de Médecine Évolutive, UMR 5288 CNRS, Université de Toulouse, 31073 Toulouse, France;

説明

<jats:title>Significance</jats:title> <jats:p>The origins of the Malagasy raise questions about ancient connections between continents; moreover, because ancestors are fundamental to Malagasy society, Malagasy origins is also a heated topic around the country, with numerous proposed hypotheses. This study provides a comprehensive view of genomic diversity (including maternal lineages, paternal lineages, and genome-wide data) based on a sampling of 257 villages across Madagascar. The observed spatial patterns lead to a scenario of a recent and sex-biased admixture between Bantu and Austronesian ancestors across the island. Moreover, we find geographical influences creating subtle signals of genetic structure that are independent of the Bantu/Austronesian admixture, suggesting that recent history has a role in the genomic diversity of the Malagasy.</jats:p>

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