PLS/OPLS models in metabolomics: the impact of permutation of dataset rows on the K-fold cross-validation quality parameters

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  • Mohamed N Triba
    Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Laboratoire Chimie, Structures, Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques (CSPBAT), Unité Mixte de Recherche (UMR) 7244, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Spectroscopie des Biomolécules et des Milieux Biologiques (SBMB) a , 74 rue Marcel Cachin 93037 Bobigny France   mohamed.triba@univ-paris13.fr
  • Laurence Le Moyec
    Université d'Evry Val d'Essonne, Unité de Biologie Intégrative des Adaptations à l'Exercice (UBIAE), U902, INSERM, Bd François Mitterrand b , 91025 Evry Cedex, France
  • Roland Amathieu
    Service d'Anesthésie et des Réanimations Chirurgicales, Université Paris 12, Hôpital Henri Mondor, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (AP-HP) c , Créteil, France
  • Corentine Goossens
    Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Laboratoire Chimie, Structures, Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques (CSPBAT), Unité Mixte de Recherche (UMR) 7244, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Spectroscopie des Biomolécules et des Milieux Biologiques (SBMB) a , 74 rue Marcel Cachin 93037 Bobigny France   mohamed.triba@univ-paris13.fr
  • Nadia Bouchemal
    Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Laboratoire Chimie, Structures, Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques (CSPBAT), Unité Mixte de Recherche (UMR) 7244, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Spectroscopie des Biomolécules et des Milieux Biologiques (SBMB) a , 74 rue Marcel Cachin 93037 Bobigny France   mohamed.triba@univ-paris13.fr
  • Pierre Nahon
    Service d'Hépatologie et Université Paris 13, Hôpital Jean Verdier, Assistance Publique des Hôpitaux de Paris (AP-HP) d , 93143 Bondy Cedex, France
  • Douglas N Rutledge
    Laboratoire de Chimie Analytique, AgroParisTech e , 16 rue Claude Bernard, 75231 Paris France
  • Philippe Savarin
    Université Paris 13, Sorbonne Paris Cité, Laboratoire Chimie, Structures, Propriétés de Biomatériaux et d'Agents Thérapeutiques (CSPBAT), Unité Mixte de Recherche (UMR) 7244, Centre National de Recherche Scientifique (CNRS), Equipe Spectroscopie des Biomolécules et des Milieux Biologiques (SBMB) a , 74 rue Marcel Cachin 93037 Bobigny France   mohamed.triba@univ-paris13.fr

書誌事項

公開日
2014-10-23
権利情報
  • https://academic.oup.com/pages/standard-publication-reuse-rights
DOI
  • 10.1039/c4mb00414k
公開者
Oxford University Press (OUP)

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説明

<jats:title>Abstract</jats:title> <jats:p>Among all the software packages available for discriminant analyses based on projection to latent structures (PLS-DA) or orthogonal projection to latent structures (OPLS-DA), SIMCA (Umetrics, Umeå Sweden) is the more widely used in the metabolomics field. SIMCA proposes many parameters or tests to assess the quality of the computed model (the number of significant components, R2, Q2, pCV-ANOVA, and the permutation test). Significance thresholds for these parameters are strongly application-dependent. Concerning the Q2 parameter, a significance threshold of 0.5 is generally admitted. However, during the last few years, many PLS-DA/OPLS-DA models built using SIMCA have been published with Q2 values lower than 0.5. The purpose of this opinion note is to point out that, in some circumstances frequently encountered in metabolomics, the values of these parameters strongly depend on the individuals that constitute the validation subsets. As a result of the way in which the software selects members of the calibration and validation subsets, a simple permutation of dataset rows can, in several cases, lead to contradictory conclusions about the significance of the models when a K-fold cross-validation is used. We believe that, when Q2 values lower than 0.5 are obtained, SIMCA users should at least verify that the quality parameters are stable towards permutation of the rows in their dataset.</jats:p> <jats:p/>

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