Accessibility of nuclear DNA to triplex-forming oligonucleotides: The integrated HIV-1 provirus as a target

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  • Carine Giovannangeli
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545
  • Silvia Diviacco
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545
  • Valérie Labrousse
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545
  • Sergei Gryaznov
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545
  • Pierre Charneau
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545
  • Claude Helene
    Laboratoire de Biophysique, Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale–Unité 201, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 481, 43 rue Cuvier, 75231 Paris Cedex 05, France; Laboratoire d’ Oncologie Virale, Institut Pasteur, Centre National de la Recherche Scientifique, Unité Recherche Associée 1156, 28 rue du Docteur Roux, 75724 Paris Cedex 15, France; and Lynx Therapeutics, Inc., 3832 Bay Center Place, Hayward, CA 94545

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説明

<jats:p>The control of gene transcription by antigene oligonucleotides rests upon the specific recognition of double-helical DNA by triplex-forming oligonucleotides. The development of the antigene strategy requires access to the targeted DNA sequence within the chromatin structure of the cell nucleus. In this sudy we have used HIV-1 chronically infected cells containing the HIV provirus as endogenous genes to demonstrate that the integrated HIV-1 proviral genome is accessible to triplex-forming oligonucleotides within cell nuclei. An oligonucleotide–psoralen conjugate targeted to the polypurine tract (PPT) of the HIV-1 proviral sequence was used as a tool to convert the noncovalent triple-helical complex into a covalent lesion on genomic DNA after UV irradiation of cells. Triplex-derived adducts were analyzed using two different methods. The photo-induced psoralen cross-link prevented cleavage of the target sequence by<jats:italic>Dra</jats:italic>I restriction endonuclease, and the sequence-specific inhibition of cleavage was revealed and quantitated by Southern blot analysis. A quantitative analysis of cross-linking efficiency was also carried out by a competitive PCR-based assay. These two approaches allowed us to demonstrate that a triplex-forming oligonucleotide can recognize and bind specifically to a 15-bp sequence within the chromatin structure of cell nuclei.</jats:p>

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