次世代シーケンサーを用いた<i>de novo </i>トランスクリプトーム解析

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タイトル別名
  • <i>De novo</i> transcriptome analysis by deep RNA sequencing
  • 次世代シーケンサーを用いたde novoトランスクリプトーム解析
  • ジセダイ シーケンサー オ モチイタ de novo トランスクリプトーム カイセキ
  • De novo transcriptome analysis by deep RNA sequencing

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抄録

本技術ノートでは，次世代シーケンサーを用いた非モデル動物の全トランスクリプトーム解析について説明する。これまで，非モデル動物のように参照となるゲノムDNA情報がない場合，次世代シーケンサーの配列データを貼り合わせて長い配列情報を得ることが難しかった。また，代表機種であるIllumina社シーケンサーでは，他社機種に比べて安価で大量の配列データが得られるものの，シーケンスデータの配列長が短い。これら技術，費用の両問題により，次世代シーケンサーによる非モデル動物のトランスクリプトーム解析はなかなか進んでこなかった。最近になり，トランスクリプトームデータ解析に特化した，参照配列を必要としない配列貼り合わせ（de novo assembly）プログラムが複数発表されている。我々は，Illumina社シーケンサーとこれらのプログラムを用いて非モデル動物組織のde novoシーケンス，トランスクリプトーム解析を行い，良好な結果を得た。これらの結果を含めて一連のde novoトランスクリプトーム解析手法を紹介したい。

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