生体分子の分子動力学シミュレーションにおける効率的な時間刻みの範囲　―　グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン３量体　―

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  • Effective Time Difference for Biological MD Simulation - Glycine, Alanine, Valine, Leucine and Isoleucine Trimer -
  • セイタイ ブンシ ノ ブンシ ドウリキガク シミュレーション ニ オケル コウリツテキナ ジカン キザミ ノ ハンイ グリシン アラニン バリン ロイシン イソロイシン 3リョウタイ

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抄録

分子動力学シミュレーションを行うとき、時間刻みをどの程度まで大きく取ることができるのか、その許容範囲について調べた。積分方法はベルレ法を用い、時間刻み幅を0.02フェムト秒(fs)から3.0 fs まで増大させた。5種類のアミノ酸（Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine ）3量体を計算対象とした。<BR>基準時間刻み(0.02 fs)とその他の時間刻みについてのエネルギー差の平均値は、時間刻み幅のほぼ2乗で増加するが、標準偏差は時間刻み0.5 fsから1.5 fsまではほとんど差がみられなかった。つまり、この範囲内ではどの時間刻みでシミュレーションを行ってもあまり差がない。ゆえに、今回の例の場合、時間刻み1.5 fs付近でシミュレーションを行うのが時間短縮の面から効果的である事が示唆された。

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