MiBASEおよびKaFTom：トマトのトランスクリプトームと完全長cDNAのデータベース

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書誌事項

タイトル別名
  • MiBASE and KaFTom: Databases of Transcriptome and Full-length cDNAs of Tomato

抄録

当プロジェクトでは、矮性トマト品種マイクロトムの葉と果実に由来する5つのcDNAライブラリーと3つの完全長cDNAライブラリーから、ESTおよび完全長cDNAの解読を進めている。EST情報からは、非冗長な配列セット(Unigene)の構築を行うと共に、それらの機能アノテーションや代謝パスウェイ、ジーン・オントロジーとの関連付け、SNPおよびSSRの探索、cDNAマイクロアレイの設計およびマイクロアレイを用いた遺伝子発現データの収集を進めている。これらのトランスクリプトームの情報は、構築・運営しているデータベースMiBASE（http://www.kazusa.or.jp/jsol/microtom/）より提供している。また、完全長cDNA情報を用いて、タンパク質機能ドメインなどの推定やゲノム・アノテーションを進めている。ここで、ゲノム構造の推定は、完全長cDNAとトマト・ゲノム解読プロジェクトから利用可能なゲノム配列との比較に基づく。これらの完全長cDNAとゲノム・アノテーションの情報は、データベースKaFTom (http://www.pgb.kazusa.or.jp/kaftom/)から閲覧が可能である。現在、さらに、根由来の完全長cDNAライブラリーの解析を進めており、Unigeneやゲノム・アノテーションなどの情報のアップデートを行う予定である。

収録刊行物

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390001205630826496
  • NII論文ID
    130006991732
  • DOI
    10.14841/jspp.2008.0.0988.0
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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