KaPPA-View4: オミクスデータ解析におけるKEGG代謝経路マップの利用

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タイトル別名
  • KaPPA-View4: Utilization of pathway maps from KEGG for omics data analyses

抄録

オミクスのデータ解析を加速するため、我々は、トランスクリプトームとメタボロームのデータを代謝経路マップ上で統合解析するためのウェブツールKaPPA-Viewを開発してきた。本公演では、従来のシロイヌナズナの代謝マップを用いたシステム（KaPPA-View4 Classic）に加え、KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）が整備する代謝マップのデータを搭載した新バージョン、KaPPA-View4 KEGGを公開したので報告する。頻繁にキュレーションされている約290枚のKEGG代謝マップに加え、我々は独自にKEGG BRITEのデータから約380枚の遺伝子ファミリーマップも準備した。これにより、遺伝子ファミリー内の機能分担について、遺伝子共発現性データをもとにした解析をより効率よく進めることが可能である。またKEGGの採用により、植物だけでなく、動物や微生物等の解析も行うことが可能となった。現在、Classic, KEGGの両者を合わせ、20生物種のマップと12生物種の遺伝子共発現データが利用可能である。<br>URL: http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4-kegg/<br>Sakurai et al. (2011) Nuc. Acids Res. Database Issue, in press

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詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390001205631819264
  • NII論文ID
    130006993201
  • DOI
    10.14841/jspp.2011.0.0011.0
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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