Evaluation and improvement of classical force fields regarding conformational equilibrium of carboxyl group in solution

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  • 溶液中におけるカルボキシル基の構造平衡に関する古典力場の評価と改良

Abstract

<p>溶液中におけるカルボキシル基のsynとanti構造の間の構造平衡に関する古典力場の評価をおこない、Amberと呼ばれる力場に関して、構造平衡を水中で再現するパラメータを提案した。本提案は、詳細かつ精度の良いエネルギー論を元にしているが、常温の分子動力学シミュレーションでは二つの構造の間の転移が起こらないので、ハミルトニアンレプリカ交換分子動力学シミュレーションを用いて評価がなされている。その後、RISMを用いた計算によって、水和自由エネルギーを種々の水モデルで評価することで、水モデル依存性を再重法を用いて評価した。Amber以外の代表的な力場に関してもRISMによる計算をおこない力場の評価を行った。</p>

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  • CRID
    1390001206045641728
  • NII Article ID
    130006711205
  • DOI
    10.11316/jpsgaiyo.72.1.0_3264
  • ISSN
    21890803
  • Text Lang
    ja
  • Data Source
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • Abstract License Flag
    Disallowed

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