臭気低減化細菌の16S rDNA遺伝子配列解析による系統分類

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  • Comparative 16S rDNA gene sequence analyses of the deodorant bacterial strains isolated from composting of animal feces
  • シュウキ テイゲンカ サイキン ノ 16SrDNA イデンシ ハイレツ カイセキ ニ ヨル ケイトウ ブンルイ

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説明

Almost entire region (about 1.5 kb) of 16S rDNA gene was PCR-amplified and sequenced for the 12 deodorant bacterial strains isolated from composting of animal feces. These strains had been classified into five groups based on the deodorizing malodorous compounds; group 1, hydrogen sulfide (one strain): group 2, volatile fatty acids and sulfur compounds (one strain): group 3, methylmercaptane (three strains): group 4, trimethylamine (five strains): group 5, ammonia (two strains). Sequence analysis of the 16S rDNA gene among the 12 strains revealed that strains in the same group are highly homologous (more than 99% similarity) and could be recognized as a single taxon at the species level. By phylogenetic tree analysis of the 16S rDNA gene sequence using a CLATALW program, the strains in group 1 and 2 were identified as Brevibacterium sp. and Rhodococcus sp., respectively, and the other strains were all identified as Bacillus sp..

堆肥より分離された臭気低減活性を有する細菌12株【硫化水素低減活性1株 (グループ1), 低級脂肪酸類・硫黄化合物類低減活性1株 (グループ2), メチルメルカプタン低減活性3株 (グループ3), トリメチルアミン低減活性5株 (グループ4), アンモニア低減活性2株 (グループ5)】について, 16Sr DNA遺伝子塩基配列解析による系統分類を行った。その結果, グループ内の菌株間で16S rDNA遺伝子塩基配列の相同性が極めて高い(99%以上) ことが明らかとなった。さらに既知細菌群とのCRASTALWプログラムによる分類学的系統樹作成により, グループ1とグループ2の株は, それぞれBrevibacterium sp. とRhodococcus sp.とその他のグループの株はすべてBaczillus sp. と同定した。

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