4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD)における金属活性中心の力場パラメータの構築とその評価

DOI Web Site 参考文献9件
  • 宗井 陽平
    日本曹達株式会社研究開発本部小田原研究所 (〒250-0280 神奈川県小田原市高田345) 筑波大学計算科学研究センター (〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1)
  • 堀 優太
    筑波大学計算科学研究センター (〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1)
  • HENGPHASATPORN Kowit
    筑波大学計算科学研究センター (〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1)
  • 原田 隆平
    筑波大学計算科学研究センター (〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1)
  • 重田 育照
    筑波大学計算科学研究センター (〒305-8577 茨城県つくば市天王台1-1-1)

書誌事項

タイトル別名
  • Building and Evaluating Force Field Parameters around Transition Metal-including Active Site in 4-Hydroxyphenylpyruvate Dioxygenase (HPPD)

抄録

<p>Metalloproteins such as 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase (HPPD) and Cytochrome P450 are important for agrochemical research. In classical mechanics, to reproduce the metal-coordination environment of metalloproteins, various models (Nonbonded model, Bonded model, Nonbonded/Bonded Hybrid model etc.) for metal complexes have been developed. In this study, we built force field parameters for the molecular dynamics simulation of HPPD and evaluated the Fe2+-coordination environment. The result revealed that the hybrid model is suitable for the simulation of HPPD and able to simulate the metal-ligand (water) exchange process.</p>

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参考文献 (9)*注記

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