GPGPUクラスタ上でのFMO計算の性能評価

DOI Web Site 被引用文献1件 参考文献1件
  • 梅田 宏明
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
  • 塙 敏博
    東京大学 情報基盤センター，〒277-8589 柏市柏の葉5-1-5
  • 庄司 光男
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
  • 朴 泰祐
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1
  • 重田 育照
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1

書誌事項

タイトル別名
  • Performance Benchmark of FMO Calculation with GPU-Accelerated Fock Matrix Preparation Routine

抄録

GPU acceleration for OpenFMO, a fragment molecular orbital calculation program, has been implemented and its performance was examined. We have developed a GPU-accelerated Fock matrix preparation routine without atomic operation and implemented it into the worker module of an OpenFMO program, which is parallelized in a master-worker programming model. The GPU-accelerated program shows 1.5× speedups from CPU only FMO-HF/6-31G (d) calculation with a direct SCF method for 642 atomic protein on 8 nodes of HA-PACS base cluster.

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