OpenFMOにおける4中心クーロン相互作用項計算のGPGPU化の試み

DOI Web Site 被引用文献3件 参考文献2件 オープンアクセス
  • 梅田 宏明
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1)
  • 塙 敏博
    東京大学 情報基盤センター，〒277-8589 柏市柏の葉5-1-5)
  • 庄司 光男
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1)
  • 朴 泰祐
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1)
  • 重田 育照
    筑波大学 計算科学研究センター，〒305-8577 つくば市天王台1-1-1)

書誌事項

タイトル別名
  • GPU-accelerated FMO Calculation with OpenFMO: Four-Center Inter-Fragment Coulomb Interaction

説明

GPU acceleration of four-center (4C) inter-fragment Coulomb interaction term (IFC) for OpenFMO, a fragment molecular orbital calculation program, has been implemented and its performance was examined. FMO calculation has two time-consuming steps: Fock matrix construction and IFC calculation, and in our previous letter, it was reported that the former is successfully accelerated with our GPU-enable code. The 4C-IFC calculation is the core part of the latter and its code is similar to that of Fock matrix construction. In this letter, we briefly describe the GPU-accelerated 4C-IFC calculation routine, and report a performance benchmark for GPU-accelerated FMO calculation. The GPU-accelerated program shows 3.3× speedups from CPU only FMO-HF/6-31G (d) calculation for 642 atomic protein on 8 nodes of HA-PACS base cluster.

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