黒毛和種のDNAプールを用いた全ゲノムリシーケンシングによる網羅的SNP探索とその評価

DOI 日本農学文献記事索引 Web Site 被引用文献1件 参考文献22件

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タイトル別名
  • SNP discovery and evaluation with whole genome re-sequencing using pooled DNA in Japanese Black cattle
  • クロゲワシュ ノ DNA プール オ モチイタ ゼン ゲノムリシーケンシング ニ ヨル モウラテキ SNP タンサク ト ソノ ヒョウカ

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抄録

次世代型シーケンサーは短期間での大量シーケンシングを可能にし，一塩基多型（SNPs）の網羅的探索を可能にしたが，大量に検出されたSNPsの多型性をサンガー法で評価することは，莫大な費用がかかり現実的ではない．しかし，リシーケンシングにDNAプールを用いることで，各アリルをカバーする配列データ数からマイナーアリル頻度（MAF）を予測し，その多型性の評価が可能となる．我々は，黒毛和種ゲノム解析に有効なMAFが高いSNPを大量に含むデータベースを作成するために，黒毛和種52頭の全ゲノムリシーケンシングをDNAプールによって行い，予測MAFが0.05以上のSNPsを網羅的に探索した．その結果，反復配列領域外から459万種のSNPsを検出した．DNAプールによる予測MAFは，Bovine HD Chipを用いたSNP型判定で得られたMAFと強い相関を示し，正確に予測できていることが示された．

収録刊行物

  • 日本畜産学会報

    日本畜産学会報 84 (3), 319-325, 2013

    公益社団法人 日本畜産学会

被引用文献 (1)*注記

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参考文献 (22)*注記

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