遺伝子発現解析が可能な植物の代謝パスウェイデータベース・ツールKaPPA-View2

DOI

書誌事項

タイトル別名
  • KaPPA-View2: A plant metabolic pathway database and tool for gene expression correlation analysis

抄録

DNAアレイ解析や、各種クロマトグラフィーと質量分析による代謝産物解析の進歩により、大量のトランスクリプトームデータとメタボロームデータが得られるようになった。我々は、両オームデータを代謝経路マップ上で同時に比較解析できるインターネットツール、KaPPA-View（http://kpv.kazusa.or.jp/kappa-view/)を公開している。KaPPA-Viewでは、利用者がアップロードしたデータを用い、2実験間でのトランスクリプトームおよびメタボロームのプロファイル変化を、代謝経路上の遺伝子・化合物を示すシンボルの色変化として表示可能である。ここでは、新バージョンであるKaPPA-View2について報告する。近年、様々な実験条件におけるDNAアレイデータを元にピアソン相関係数等を計算し、遺伝子発現の協調性を解析可能となってきた。KaPPA-View2では、遺伝子間および代謝産物間の関係を、代謝経路マップ上に重ね描く機能を実装した。ATTED-II（http://www.atted.bio.titech.ac.jp/）の遺伝子相関データの他、利用者が準備した相関データも利用でき、代謝経路の機能分担や、パラログ遺伝子間での機能分担を推定することが可能である。さらにKaPPA-View2では、比較を行う2実験のデータセットを複数設定できる機能、登録されている遺伝子・代謝産物・酵素反応・マップ情報へ外部から直接アクセスできる機能を追加した。

収録刊行物

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390282680607044352
  • NII論文ID
    130006991000
  • DOI
    10.14841/jspp.2007.0.206.0
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

問題の指摘

ページトップへ