シロイヌナズナ共発現ネットワーク解析に基づいた生物プロセスの予測データベース

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タイトル別名
  • A database to infer biological processes based on co-expression network analysis of Arabidopsis genes

抄録

昨年の年会で報告した、ネットワーク解析に基づく共発現予測アルゴリズムを、公開されているシロイヌナズナDNAマイクロアレイデータセット（1，388枚）に適用した。その適用結果に基づき、22，263遺伝子の中から、互いに高い相関を示す約300グループの遺伝子群に注目した。これらの遺伝子群は各群内で機能的に関連していると考え、機能的な関連性を示す個々の生物プロセスに対応すると仮定した。そこで、共発現解析に基づく生物プロセスの予測データベースを作成して一般公開した。従来の植物共発現解析データベースでは、ユーザーが注目する遺伝子群に対する共発現遺伝子を検索できる（遺伝子群対遺伝子群）が、本データベースは、あらかじめ生物プロセスに共発現遺伝子群を対応付けており、ユーザーは注目遺伝子群が関与する生物プロセスを検索することができる（遺伝子群対生物プロセス）。各プロセスはネットワークトポロジーに基づく共発現性の強い順に、対応する共発現ネットワーク、遺伝子機能情報、代謝経路との関連等に関して順次公開している。

収録刊行物

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390282680608530304
  • NII論文ID
    130006993202
  • DOI
    10.14841/jspp.2008.0.0122.0
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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