野外採取植物根からのアーバスキュラー菌根菌18SrRNA遺伝子のnested PCR増幅

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  • Nested PCR Amplification of Arbuscular Mycorrhizal Fungal 18S rRNA Genes from Field-collected Roots

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抄録

植物との共生菌であるアーバスキュラー菌根菌のDNAを野外採取した根から検出するため, 既存のプライマーを用いてnested PCRを試みた。また, これまで実験室で栽培された植物や胞子からのアーバスキュラー菌根菌DNAの検出に用いられてきたdirect PCRも同時に試みた。Nested PCRの第一回目の反応ではユニバーサルプライマーであるSS38-NS21を用い, 続く反応ではGlomales特異的プライマーVANS1と分類群特異的プライマーVAGLO, VAACAUまたはVAGIGAを組み合わせてPCRを行った。その結果, 草地植物4種からnested PCRにより増幅産物を得ることが可能であった。一方で, direct PCR (VANS1-VAGLO, VANS1-VAACAU, VANS1-VAGIGA) では増幅産物の検出が困難であった。また, nested PCRで得られた増幅産物の塩基配列を決定したところ, VANS1-VAGLO断片とVANS1-VAACAU断片の配列は期待されたようにデータベース上のそれぞれGlomaceae科およびAcaulosporaceae科の配列と最も高い相同性を示した。しかし, ほとんどのVANS1-VAGIGA断片はGigasporaceae科と最も高い相同性を示すわけではなかった。Nested PCRそれ自体は野外から採取した低量の菌DNAを増幅するのに効果的かつ省力的であったが, 今回使用した特異的プライマーを野外でのアーバスキュラー菌根菌検出に用いるのには限界があると思われた。

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