Garudaプラットフォームによる多角的毒性予測

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タイトル別名
  • Multidimensional prediction of toxicity by Garuda platform

説明

<p>Garuda[1]は、システム・バイオロジー研究機構（SBI）を中心としたGaruda Allianceが設計・運用をしているオープンプラットフォームであり、互換性のある対応ソフトウェア（「ガジェット」と呼ばれる）を自由に連結させることによりプログラミングなどの技術を必要とすることなくデータ解析を行うことを可能としている。Garuda上では様々な個性を持つガジェットが連結しあい、網羅する解析機能は常に拡張を続けている。一方、化合物の毒性を評価する上でマイクロアレイなどによって得られる遺伝子発現プロファイルが有用であることから、Percellomeプロジェクト[2]では多岐に渡る化合物の定量的遺伝子発現プロファイルの収集が続けられている。こうした実験データを用いて化合物の毒性発現機構の推定をおこなう際には、Garudaに代表されるような解析環境を利用可能か否かが解析の効率や結果解釈の妥当性を左右すると言っても過言ではない。本発表では、遺伝子発現プロファイルをGaruda上で解析することにより化合物の毒性発現機構推定をおこなった実例の一つとして、抗てんかん薬であるバルプロ酸が副作用として肝毒性を引き起こす分子機構をPercellomeデータから推定した例を紹介する。これにより、バイオインフォマティクスの技術や経験を持たない（あるいは限られている）研究者にとってGaruda＋Percellomeが多角的に毒性を評価する上で強力なツールとなりうることを示す。</p><p>[1] Ghosh, S., et al. Nature Reviews Genetics 12.12 (2011): 821-832.</p><p>[2] Kanno, J., et al. BMC genomics 7.1 (2006): 64.</p>

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詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390282763129890816
  • NII論文ID
    130007677585
  • DOI
    10.14869/toxpt.46.1.0_s22-3
  • 本文言語コード
    ja
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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