クロマツにおけるRNA-Seqデータからの高密度連鎖地図の作製
書誌事項
- タイトル別名
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- Construction of a high-density genetic map from RNA-Seq data in <i>Pinus thunbergii</i>
抄録
<p>マツ材線虫病に対するクロマツの抵抗性メカニズムの解明に向けて、抵抗性の人工交配家系（雑種第一代F1）96個体を対象にしたeQTL（expression Quantitative Trait Locus）解析を進めている。そのeQTL解析に利用する遺伝的変異と連鎖地図情報について、現状では約400のEST上にあるSNPの情報をもとに構築されたラフマップの状態にあり、クロマツのゲノム骨格を反映した精度の高い連鎖地図とは言い難い状態にある。マツをはじめとする巨大かつ複雑なゲノム構造を持つ針葉樹種において、発現している遺伝子をターゲットにしたRNA-seqデータは、ゲノム中のジャンクな配列が除去され、生物学的な機能に直結する配列のみをターゲットにできる効率的かつ効果的なデータであり、現在、そのeQTL解析に利用するRNA-seqデータから、遺伝的変異の検出と高密度連鎖地図の構築を試みている。本発表では、RNA-seqデータより検出した多型情報とその多型を利用して実際に連鎖地図の構築を試みたので報告する。</p>
収録刊行物
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- 日本森林学会大会発表データベース
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日本森林学会大会発表データベース 132 (0), 367-, 2021-05-24
日本森林学会
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詳細情報 詳細情報について
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- CRID
- 1390290088581275520
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- NII論文ID
- 130008117759
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- 本文言語コード
- ja
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- データソース種別
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- JaLC
- CiNii Articles
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- 抄録ライセンスフラグ
- 使用不可