腸内細菌群集の網羅的代謝機能データベース

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タイトル別名
  • Functional annotation atlas for human gut microbiome
  • チョウ ナイ サイキン グンシュウ ノ モウラテキ タイシャ キノウ データベース

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抄録

ヒト腸内環境解析は次世代シーケンサーの発展と，腸内環境と疾患の関連性が次々と明らかになるにつれ，技術的にさまざまな広がりを見せている．16S rRNA遺伝子アンプリコン解析のみならず，ショットガンメタゲノム解析による詳細な機能解析により，ヒト腸内細菌が持つ代謝機能についても，定量的に扱うことが可能となってきた．遺伝子機能解析には，塩基配列やアミノ酸配列に対して行う機能アノテーションが基盤となる．本稿では遺伝子機能解析のリファレンスとして用いられるデータベースや，機能アノテーションツールに焦点を当てる．筆者らのグループはヒト腸内細菌が持つ代謝機能に焦点を当てた代謝経路データベースであるEnteropathwayを開発している．当該データベースを利用することによるデータ解析の可能性についても紹介したい．

収録刊行物

  • 生化学

    生化学 95 (4), 483-489, 2023-08-25

    公益社団法人日本生化学会

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