タンパク質に関する FMO-DPD シミュレーション用パラメータ算定と試行

DOI Web Site 参考文献12件
  • 太刀野 雄介
    立教大学理学部化学科，〒171-8501 東京都豊島区西池袋 3-34-1
  • 土居 英男
    立教大学理学部化学科，〒171-8501 東京都豊島区西池袋 3-34-1
  • 奥脇 弘次
    立教大学理学部化学科，〒171-8501 東京都豊島区西池袋 3-34-1 (株) JSOL，〒102-0074 東京都千代田区九段南 1-6-5 九段会館テラス
  • 平野 秀典
    慶應義塾大学大学院理工学研究科，〒223-8522 神奈川県横浜市港北区日吉 3-14-1
  • 望月 祐志
    立教大学理学部化学科，〒171-8501 東京都豊島区西池袋 3-34-1 東京大学生産技術研究所，〒153-8505 東京都目黒区駒場 4-6-1

書誌事項

タイトル別名
  • Parameter Evaluation and Test Application for FMO-DPD Simulation of Proteins

抄録

<p>We have been promoting a project to evaluate the set of effective interaction parameters used in dissipative particle dynamics (DPD) simulations for all amino acid residues covering various proteins, based on fragment molecular orbital (FMO) calculations. This simulation protocol has been termed FMO-DPD. Here we report a test application to the folding problem of Chignolin and Superchignolin with hairpin structures, where 7 amino acid residues were considered.</p>

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参考文献 (12)*注記

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