Building Executable Models from Descriptions of Biochemistry—Application to Patient-Specific Modeling

DOI Web Site Web Site 9 References
  • IMOTO Hiroaki
    Institute for Protein Research, Osaka University Present Address: Systems Biology Ireland, University College Dublin
  • OKADA Mariko
    Institute for Protein Research, Osaka University WPI-PRIMe, Osaka University

Bibliographic Information

Other Title
  • 生化学反応過程を記述した文章による実行可能な数理モデルの生成と患者固有モデリングへの応用
  • セイカガク ハンノウ カテイ オ キジュツ シタ ブンショウ ニ ヨル ジッコウ カノウ ナ スウリ モデル ノ セイセイ ト カンジャ コユウ モデリング エ ノ オウヨウ

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Abstract

<p>細胞内の反応ネットワークや反応速度，遺伝子発現情報などを取り込めるMechanisticかつDynamicな数理モデルは，細胞のシステムとしての振る舞いを予測・制御する上で最も有効なアプローチの一つである．本稿では，Pasmopy（Patient-Specific Modeling in Python）を用いた，テキストから数式を経由しない実行可能な数理モデルの生成および，がん公共オミクスデータを用いた患者固有モデルへの応用について紹介する．</p>

Journal

  • Seibutsu Butsuri

    Seibutsu Butsuri 63 (6), 320-324, 2023

    The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

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