生命科学におけるセマンティック・ウェブのグラフ構造データの可視化

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  • 片山 俊明
    大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター

書誌事項

タイトル別名
  • Visualization of Graph Structured Data of Semantic Web in Life Sciences
  • セイメイ カガク ニ オケル セマンティック ・ ウェブ ノ グラフ コウゾウ データ ノ カシカ

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抄録

生命科学・医科学の分野では多数の公共データベースが公開されているが、ライフサイエンス統合データベースセンターではこれらを統合的に利用するための技術開発を進めており、セマンティック・ウェブ技術を使ったデータ統合を行ってきた。セマンティック・ウェブではデータがグラフ構造で繋がっているが、本稿ではそのデータモデルResource Description Framework (RDF)、検索のためのSPARQL Protocol and RDF Query Language (SPARQL)、SPARQL検索の結果をREST API化するSPARQListを概説し、RDF/SPARQLを用いて構築した統合ゲノムデータベースTogoGenomeとその可視化モジュールTogoStanzaを紹介する。さらに、汎用化したMetaStanzaによる任意のSPARQLの検索結果の可視化と、可視化の際に必要なd3spraql.jsによるデータの形式変換および、現在利用可能な生命科学・医科学分野のRDFデータセットについて解説した。

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