書誌事項
- タイトル別名
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- Methods for analyzing next-generation sequencing data 20. Properties and statistical models of RNA-seq count data.
- ジセダイ シーケンサーデータ ノ カイセキ シュホウ(ダイ20カイ)RNA-seq カウントデータ ノ セイシツ ト トウケイ モデル
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説明
<p>RNA-seq 解析の目的の多くは、比較する状態または群間で発現の異なる遺伝子（DEG）の同定である。ほとんどのプログラムは R のパッケージとして提供されており、その入力は、カウントデータとよばれる各行が遺伝子、各列がサンプルからなる数値行列である。本稿では、なぜ負の二項分布とよばれる統計モデルが DEG 検出目的でよく用いられるのかについて、数式を交えて解説する。また、このカウントデータの性質を説明する手段としてよく用いられる平均－分散プロットについて、データの前処理から ggplot2 による描画まで述べる。</p>
収録刊行物
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- 日本乳酸菌学会誌
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日本乳酸菌学会誌 34 (1), 21-29, 2023-03-24
日本乳酸菌学会