次世代シーケンサーデータの解析手法 第 20 回 RNA-seq カウントデータの性質と統計モデル

DOI Web Site Web Site 参考文献9件 オープンアクセス
  • 牧野 磨音
    東京大学大学院 農学生命科学研究科
  • 坂本 光央
    理化学研究所 バイオリソース研究センター
  • 清水 謙多郎
    東京大学大学院 農学生命科学研究科 東京大学大学院 情報学環・学際情報学府 東京大学 微生物科学イノベーション連携研究機構
  • 門田 幸二
    東京大学大学院 農学生命科学研究科 東京大学大学院 情報学環・学際情報学府 東京大学 微生物科学イノベーション連携研究機構

書誌事項

タイトル別名
  • Methods for analyzing next-generation sequencing data 20. Properties and statistical models of RNA-seq count data.
  • ジセダイ シーケンサーデータ ノ カイセキ シュホウ(ダイ20カイ)RNA-seq カウントデータ ノ セイシツ ト トウケイ モデル

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説明

<p>RNA-seq 解析の目的の多くは、比較する状態または群間で発現の異なる遺伝子（DEG）の同定である。ほとんどのプログラムは R のパッケージとして提供されており、その入力は、カウントデータとよばれる各行が遺伝子、各列がサンプルからなる数値行列である。本稿では、なぜ負の二項分布とよばれる統計モデルが DEG 検出目的でよく用いられるのかについて、数式を交えて解説する。また、このカウントデータの性質を説明する手段としてよく用いられる平均－分散プロットについて、データの前処理から ggplot2 による描画まで述べる。</p>

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