アガロースゲル電気泳動を用いた<i>amoA</i> のPCR 増幅産物検出による太陽熱消毒処理土壌中のアンモニア酸化細菌存在量の変動評価

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  • Evaluation of fluctuation in the abundance of ammonia-oxidizing bacteria in soil based on the detection of PCR-amplified fragments of amoA gene by agarose gel electrophoresis
  • アガロースゲル電気泳動を用いたamoAのPCR増幅産物検出による太陽熱消毒処理土壌中のアンモニア酸化細菌存在量の変動評価
  • アガロースゲル デンキ エイドウ オ モチイタ amoA ノ PCR ゾウフク サンブツ ケンシュツ ニ ヨル タイヨウ ネツ ショウドク ショリ ドジョウ チュウ ノ アンモニア サンカ サイキン ソンザイリョウ ノ ヘンドウ ヒョウカ

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抄録

土壌中のアンモニア酸化細菌の存在量は太陽熱などによる土壌消毒により大きく減少するが，その後の作物栽培期間に回復し，その動態は土壌の硝化能の変動に対応する。太陽熱消毒処理土壌より抽出したDNAを対象に，アガロースゲル電気泳動によりamoAのPCR増幅産物の有無を検出し，アンモニア酸化細菌の存在量の変動の評価が可能か検討した。アガロース電気泳動による方法はアンモニア酸化細菌のamoA遺伝子コピー数の定量には適さなかったが，太陽熱土壌消毒処理に伴うアンモニア酸化細菌存在量の1/100あるいは100倍程度の減少・増加を確認するために用いることは可能であり，その増減の程度は定量PCR法により求めたコピー数から算出した増減の程度とよく一致した。定量PCR用の分析機器を用いずに，アガロースゲル電気泳動により，ある程度簡便かつ迅速に太陽熱土壌消毒がアンモニア酸化細菌の存在量の変動へ及ぼす影響を評価できると考えられた。

収録刊行物

  • 土と微生物

    土と微生物 73 (1), 34-38, 2019

    日本土壌微生物学会

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