RNA-seqを用いたサクラ属の生育不全実生で特異的に発現する遺伝子の探索

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タイトル別名
  • Identifying genes specifically expressed in the inviable cherry seedlings using RNA-seq

抄録

<p>桜（バラ科サクラ属）は日本で最も親しまれている樹木の一つで、多くの野生種および栽培品種が存在する。種間の交雑は比較的容易といわれるが、栽培品種の‘染井吉野’にその祖先種といわれるエドヒガンを掛け合わせたときにのみ、後代実生において致死的な生育不全が分離する。この交雑の不和合に関与する遺伝子を明らかにすることを目的に、健全な実生と生育不全の実生とで発現量の異なる遺伝子を探索した。東京大学田無演習林に生育する‘染井吉野’とエドヒガン（シダレザクラ）を掛け合わせて得られた種子を、3ヶ月ほど低温湿層処理したのちにバーミキュライトの育苗床に播種した。発芽から1~2週間後、健全な実生、本葉の展開後に成長が停止した生育不全の実生、さらに対照としてヤマザクラに自然結実した種子から得られた健全な実生、それぞれ3個体からRNAを抽出した。現在、NovaSeq6000でRNA-seqを行うことで（TruSeq stranded mRNA Library, 150bp pair-end）、6 Gb/sampleのmRNA配列を取得予定である。発表では、モモのゲノムへのマッピングを基にした発現変動解析の結果を報告する。</p>

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詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1390848250132115328
  • NII論文ID
    130007881175
  • DOI
    10.11519/jfsc.131.0_737
  • 本文言語コード
    ja
  • データソース種別
    • JaLC
    • CiNii Articles
  • 抄録ライセンスフラグ
    使用不可

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