臨床検体からパラインフルエンザウイルス1，2，3，4 型を検出・遺伝子解析するための新たなMultiplex-RT-Nested PCR 法の検討

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タイトル別名
  • A Multiplex RT-Nested PCR Assay with Newly Designed Primers to Detect and Analyze Human Parainfluenza Viruses Type 1, 2, 3, and 4 from Clinical Specimens
  • リンショウケンタイ カラ パラインフルエンザウイルス 1,2,3,4ガタ オ ケンシュツ ・ イデンシ カイセキ スル タメ ノ アラタ ナ Multiplex-RT-Nested PCRホウ ノ ケントウ

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抄録

<p> ヒトパラインフルエンザウイルス（Human Parainfluenza Virus：HPIV）は4 つの型に分類されており，遺伝子検査には，文献で報告された型別可能なMultiplex-RT-Nested-PCR 法（既報方法）が広く用いられている．しかしながら既報方法で得られる増幅産物の塩基配列は短く，特に3 型は解析に供する塩基配列が 60 塩基であることから系統樹解析の実施が困難だった．そこで，HPIV を高感度に検出でき，加えて系統樹解析が可能な塩基配列長が得られるMultiplex-RT-Nested-PCR 法（本法）の開発を試み，HPIV のHN 領域を標的としたプライマーを新たに設計した．その結果，本法のNested-PCR により，HPIV1 型，2 型，3 型， 4 型各々で652bp，950bp，843bp，552bp の増幅産物が得られた．既報方法を用いて既にHPIV 遺伝子が検出されている193 検体に対して本法を実施したところ，全ての検体からHPIV 遺伝子が検出された．また，他の呼吸器症状を引き起こすウイルス12 種に対して本法を実施したところ，交差反応は認められなかった．<BR> さらに，本法によって得られた増幅産物に対してダイレクトシーケンスを実施し，決定された塩基配列を用いて系統樹解析を行った．解析領域は，Nested-PCR 用プライマー部分まで除いた，HPIV1 型608nt，2 型907nt，3 型799nt，4 型510nt とした．系統樹解析の結果，HPIV1 型，2 型，3 型の検体は既知のクラスターに分類をすることができ，HPIV4 型の検体はサブタイプを分類することができた．<BR> 以上の結果から，本法は，HPIV を検出，そして解析する遺伝子検査の一つとして，有用であることがわかった．</p>

収録刊行物

  • 感染症学雑誌

    感染症学雑誌 94 (1), 86-96, 2020-01-20

    一般社団法人 日本感染症学会

参考文献 (14)*注記

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