ゲノムワイドな一塩基多型マーカーを用いた 黒毛和種集団における遺伝的特性把握の試み

DOI Web Site Web Site 被引用文献2件 参考文献35件
  • 造田 葵
    京都大学大学院農学研究科、京都市左京区、606-8502
  • 小川 伸一郎
    京都大学大学院農学研究科、京都市左京区、606-8502 現所属：東北大学大学院農学研究科、仙台市青葉区、980-8572
  • 松田 洋和
    京都大学大学院農学研究科、京都市左京区、606-8502 現所属：公益社団法人 全国和牛登録協会、京都市中京区、604-0845
  • 谷口 幸雄
    京都大学大学院農学研究科、京都市左京区、606-8502
  • 渡邊 敏夫
    独立行政法人家畜改良センター、西白河郡西郷村、961-8511 現所属：一般社団法人 家畜改良事業団、前橋市金丸町、371-0121
  • 杉本 喜憲
    公益社団法人 畜産技術協会 動物遺伝研究所、文京区湯島、371-0121
  • 祝前 博明
    京都大学大学院農学研究科、京都市左京区、606-8502 現所属：新潟大学佐渡自然共生科学センター里山領域、佐渡市新穂潟上、952-0103

書誌事項

タイトル別名
  • Inferring genetic characteristics of Japanese Black cattle populations using genome-wide single nucleotide polymorphism markers

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抄録

This study attempted to infer the population structure of Japanese Black cattle by using genotype data on 33,063 genomewide single nucleotide polymorphism (SNP) markers of totally 4,348 fattened steers slaughtered at carcass markets in Tokyo, Osaka, Hyogo, Tottori, and Hiroshima prefectures. We evaluated allele frequency, heterozygosity, linkage disequilibrium, correlation of linkage phase, and genotype concordance among the steers. The distribution of allele frequencies in the steers sampled in Hyogo differed from the others, showing >10% of the SNPs as monomorphic. Observed heterozygosity was lowest and degree of linkage disequilibrium was highest in Hyogo. Genotypes were more similar among Hyogo steers than between other steer pairs. These results show the genetic characteristics of the Japanese Black cattle populations inferred from genotype data on genome-wide SNPs obtained using a commercial chip.

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被引用文献 (2)*注記

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参考文献 (35)*注記

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