最大密度部分グラフ探索アルゴリズムを用いたアミノ酸配列集合からの共通保存領域の抽出手法
書誌事項
- タイトル別名
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- A Method for Extracting Common Conserved Regions from Amino Acid Sequences using Maximum-Density Subgraph Search Algorithm
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説明
本稿では, 多数のタンパク質アミノ酸配列の集合から共通して保存されている領域を求める手法について述べている.この手法では, 各アミノ酸配列から切り出した固定長ブロックを頂点とし, それらの間の類似度を辺の重みとするグラフから最大密度部分グラフを探索することにより, 共通保存領域を見つける.このため, 配列ごとに共通保存領域の順番が異なっているような複雑なタンパク質ファミリに対しても共通保存領域を求めることができる.実際に複雑な領域構成をしているいくつかのタンパク質ファミリに本手法を適用してその有効性を確認した.
収録刊行物
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- 情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告
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情報処理学会研究報告. MPS, 数理モデル化と問題解決研究報告 20 49-54, 1998-07-24
一般社団法人情報処理学会
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詳細情報 詳細情報について
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- CRID
- 1571980077129535104
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- NII論文ID
- 110002936315
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- NII書誌ID
- AN10505667
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- ISSN
- 09196072
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- 本文言語コード
- ja
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- データソース種別
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- CiNii Articles
