部分一致を含む文字列に対する探索のAVXによる高スループット化
書誌事項
- タイトル別名
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- A High-Throughput String Search Using AVX for Partially Matching Data
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説明
本論文では,多数の部分一致を含む文字列に対する高速な探索の実現を目的として,ベクトル命令 AVX (Advanced Vector Extensions) によるビット並列アルゴリズムの高スループット化手法を提案する.ビット並列アルゴリズムの特長は,部分一致する箇所の数や長さに実行時間が依存しないことである.提案手法は,探索の高スループット化を図るために,長さの異なる複数のパターンを同時に探索できるよう,ビット並列アルゴリズムを拡張する.具体的には,AVX 命令により CPU コアあたりの探索スループットを高め,OpenMP 指示文によるデータ並列処理を実現する.また,データ構造を工夫することにより,長さの異なる複数のパターンを効率よく同時に処理する.実験の結果,データ構造の工夫により探索スループットをおよそ 2 倍に向上できた.また,ゲノムデータのように多数の部分一致を含み,大きなテキストに対して提案手法が有用であることが分かった.
収録刊行物
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- 情報処理学会研究報告. [ハイパフォーマンスコンピューティング]
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情報処理学会研究報告. [ハイパフォーマンスコンピューティング] 2014 (14), 1-7, 2014-02-24
一般社団法人情報処理学会
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キーワード
詳細情報 詳細情報について
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- CRID
- 1573387452649257728
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- NII論文ID
- 110009675728
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- NII書誌ID
- AN10463942
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- 本文言語コード
- ja
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- データソース種別
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- CiNii Articles
