FPGAを用いた生化学シミュレータReCSiPにおける数値積分機構の性能改善手法(FPGAとその応用及び一般)

書誌事項

タイトル別名
  • A Performance Improvement Strategy for Numerical Integration on an FPGA-Based Biochemical Simulator ReCSiP

この論文をさがす

説明

近年のバイオインフォマティクスにおいて、計算機上での生化学シミュレーションは、細胞内の生化学反応を解析する非常に有効な方法である。しかしシミュレーション対象となる系の大規模化が進むにつれ、高スループットのシミュレータの開発が急務となる。ReCSiPは、FPGAを用いて高速なシミュレーションを実現するシステムとして開発されており、本研究ではその反応速度式を解くモジュールと数値積分を行うモジュールを並列動作させることによってパイプライン稼働率の向上を図った。本研究報告ではその方法論の提案、ReCSiPへの実装および回路面積-速度効率の評価を示し、その結果について検討する。従来方式と比べ1.29倍の面積で、最高1.96倍のスループットを実現した。

収録刊行物

キーワード

詳細情報 詳細情報について

  • CRID
    1574231876749104128
  • NII論文ID
    110004071160
  • NII書誌ID
    AN10013323
  • 本文言語コード
    ja
  • データソース種別
    • CiNii Articles

問題の指摘

ページトップへ