ChIP-Atlas

九州大学 大学院医学研究院, 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター

論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。 ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。 1) Peak Browser ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。 2) Target Genes 転写因子からターゲット遺伝子を予測します。 3) Colocalization 転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。 4) Enrichment Analysis 既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。

一括ダウンロードデータへのリンク: http://chip-atlas.org/peak_browser
一括ダウンロードデータへのリンク: http://chip-atlas.org/target_genes
一括ダウンロードデータへのリンク: http://chip-atlas.org/colo

一括ダウンロードデータのデータ説明: https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki

LSDBアーカイブへのリンク: https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/chip-atlas/desc.html

統合TVへのリンク: https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=ChIP-Atlas

ChIP-Atlas

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