GENCODE

EMBL Heidelberg

GENCODEは、ヒトとマウスの全ゲノムの基本的なリファレンスゲノムアノテーション、およびそのアノテーションを維持・改善するためのツールとデータを提供しています。遺伝子セットは、包括的で、オルタナティブスプライシングによるアイソフォームや偽遺伝子を含むタンパク質コード領域・非コード領域を全て含みます。専門家の調査が必要な領域には手動でアノテーションしています。EnsemblやUCSCゲノムブラウザ、Tableブラウザで閲覧できる他、GENCODEサイト自体やFTPサイトから、またはAPIを利用してデータをダウンロードすることができます。

一括ダウンロードデータへのリンク: https://www.gencodegenes.org/human/
一括ダウンロードデータへのリンク: https://www.gencodegenes.org/mouse/

一括ダウンロードデータのデータ説明: https://www.gencodegenes.org/pages/data_format.html

データベースの利用許諾へのリンク: https://www.gencodegenes.org/pages/data_access.html
データベースの利用許諾へのリンク: https://www.ebi.ac.uk/about/terms-of-use/

データベースの使い方: https://www.gencodegenes.org/pages/data_access.html

データベースの連絡先: https://www.gencodegenes.org/pages/contact.html

API / SPARQL endopoint: http://asia.ensembl.org/info/data/mysql.html
API / SPARQL endopoint: http://asia.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html
API / SPARQL endopoint: http://rest.ensembl.org

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