Archive : ChIP-Atlas

DOI DOI DOI DOI DOI View 19 Remaining Hide

Metadata

Other Title
  • ChIP-Atlas
  • チップアトラス
  • アーカイブ：ChIP-Atlas
  • JST NBDC 平成２７年度 統合化推進プログラム（統合データ解析トライアル）
  • JST NBDC 平成２９年度 統合化推進プログラム
Published
2021-09-21
Available Date
2021-09-21
Last Modified
2020-09-04
Resource Type
Dataset
Rights Information
Repository URL
DOI
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v020
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v019
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v018
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v017
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v016
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v015
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v014
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v013
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v012
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v011
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v010
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v009
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v008
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v007
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v006
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v005
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v004
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v003
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v002
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000.v001
  • 10.18908/lsdba.nbdc01558-000
Publisher
National Bioscience Database Center
Creator Name (e-Rad)
  • Shinya Oki (90452713)
  • Tazro Ohta (20625355)

Description

ヒト/その他の脊椎動物ゲノム-ヒトゲノムデータベース/マップ/ビューワ

塩基配列データベース-転写調節部位、転写因子

ゲノミクスデータベース（脊椎動物以外）-ゲノムアノテーション用語、オントロジー、命名法

ChIP-Atlas は Sequence Read Archive で公開されている既報のChIP-Seqデータを再解析することによって様々な解析結果を提供し、またユーザデータの解析を可能にするデータベースおよびそのウェブインターフェースである。データ登録者によって記述されたメタデータを再整理することによって、データを組み合わせた様々な結果を提供している。詳しくは https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki を参照のこと。

ChIP-Atlas を利用することにより、既報の ChIP-Seq データのピーク情報をゲノムブラウザで閲覧したり、転写因子が制御している遺伝子を調べたり、共局在因子を調べたり、ユーザデータを入力としたエンリッチメント解析を行うことができる。

Notes

生物種(データベースが対象としている生物種のTaxonomy IDとTaxonomy Name):

9606,Homo sapiens

10090,Mus musculus

7227,Drosophila melanogaster

6239,Caenorhabditis elegans

4932,Saccharomyces cerevisiae

10116,Rattus norvegicus

データベース運用場所(オリジナルサイトが運用されている場所（機関など）):

京都大学大学院 医学研究科 創薬医学講座

一覧表示(オリジナルサイトにおいて、データが一覧になっているかの有無):

有り

クエリ検索(検索クエリを入力してデータを検索できる機能の有無):

有り

Webサービス(オリジナルサイトにおいて、SOAPやREST等のWebサービスの提供の有無):

無し

ユーザ登録(オリジナルサイトにおいて、データベース中のデータにアクセスするためにユーザ登録が必要かの有無):

無し

Related Data

See more
Back to top