Pseudomonas putida groupの多剤耐性臨床分離株は，高度可変的な8個のhousekeeping遺伝子配列の連結を用いた系統解析を行うと，P. putidaおよびPseudomonas monteiliiの基準株とは独立したクラスターを形成する

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  • Multidrug-resistant clinical strains identified as Pseudomonas putida group cluster independently of P. putida and Pseudomonas monteilii type strains in a phylogenetic analysis using eight concatenated hypervariable housekeeping sequences

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抄録

Pseudomonas属の主要5菌種に共通に保存されている121個のhousekeeping proteinsより，高い配列多型をもつ8種類の蛋白配列を選択した。これらの配列を結合した配列(C8HKP)を用い，既報の4MLSA(16S rRNA，gyrB，rpoB，rpoD)を用いた系統解析法と比較した。両者の配列置換率を比較した結果，相関係数はR2=0.897と高い相関を認め，C8HKPは約2倍の解像度を持つことが明らかとなった。加えて，系統樹を比較した結果，各菌種の系統位置は両者で概ね一致していた。このことから，C8HKPによる系統解析はPseudomonas属の系統分類に有用であることが示唆された。さらに，Pseudomonas putida groupに同定された多剤耐性株を含む臨床分離株33株のドラフトゲノム配列を決定し，C8HKPによる系統解析を行ったところ，P. putidaおよびPseudomonas monteiliiの基準株とは独立したクラスターが複数認められ，多剤耐性株はこのクラスターの一つに集中して認められた。

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